Засновниками "Агроекологічного журналу" є Інститут агроекології Української академії аграрних наук, Державний заклад «Державний екологічний інститут Міністерства охорони навколишнього природного середовища України» та Державний технологічний центр охорони родючості ґрунтів Міністерства аграрної політики України «Центрдержродючість».

Журнал друкується за рішенням Вченої ради Інституту агроекології УААН.